中心实验部：
   下设分子生物学实验室、细胞生物学实验室、免疫室、临床基因扩增实验室、生物化学室等。主要职责：
    1、承担医院的特殊临床检验。
    2、作为开放型的中医药临床科研基地，为全院乃至全市中医药科研项目的实施提供环境、技术和设备支持。
    3、承担研究生、实习进修人员的实验培训和带教任务。

中药研究部：
    1、中药制剂研究室
    负责中药炮制方法的研究、各类新药的制备工艺研究、药品质量标准制订、稳定性研究、中药有效成分分析、结构鉴定、理化性质研究、提取工艺研究以及新化合物的合成工艺研究。
    2、中药药理学研究室
    负责各类新药药效学和毒理学研究以及新药药代动力学研究。

信息资料部：
    主要职责：
    1、检索医学文献，定期向研究所领导提供科技情报信息； 
    2、对现有项目进行考察，推测专利申请之可能； 
    3、协助专利代理人进行专利申请文件的撰写准备工作； 
    4、关注相关项目的技术动态，为研究所领导制定研发策略提供建议。
    5、中医古籍资料管理、名老中医学术经验研究。

临床研究部：
    负责中医优势病种的临床研究，并指导临床实践。逐步建成各重点临床专科研究室，包括心血管科临床研究室、骨伤科临床研究室、肿瘤科临床研究室、肛肠科临床研究室、肾病科临床研究室、风湿病科临床研究室和针灸科临床研究室等。

科研开发部：
    开展GCP相关临床药物实验工作，负责院内制剂的研究、开发和成果转化。

心血管病实验室：
    于2006年建成为国家中医药二级科研实验室。主要研究方向为心血管疾病的机制研究及中西医结合防治、心血管病中药细胞分子水平的筛选、从分子水平探讨中医传统学说。

无锡市中医医院博士后科研工作站：
    2006年，我所“中医博士后联合培养工作室”正式启动。同年年底开始，我院与中国中医科学院合作，在陈可冀院士的指导下，开展了中西医结合心血管病专业博士后联合培养工作。近年来研究所承担和完成了多项省市级课题的研究工作，并获得江苏省医学新技术奖二等奖、无锡市科技进步奖三等奖等多项奖励。由本所参与研制的一批中药新制剂如“心力神”、“降防保心胶囊”等，也以其独特的临床疗效，正被广泛应用于临床各专科，深受患者的欢迎。2010年，国家级博士后科研工作站落户该所。

无锡市中医医院院士工作站
    2010年8月，我院院士工作站正式立项，该项目正式启动。我院与中国科学院陈可冀院士及其团队开展临床、科研、教学等多方位良好的合作，利用现代心血管病学的新进展、新技术，不断拓展中医、中西医结合防治心血管疾病的新领域，提高中医药防治心血管病的临床水平。